De Algemene Vergadering en het presidium van de IAWR bestaan uit de voorzitters en directeuren van de aangesloten verenigingen.
Het wetenschappelijk coördinatiecomité (IAWR-adviesraad) ondersteunt het presidium en het dagelijks bestuur. Het bestaat uit vertegenwoordigers van de wetenschappelijke adviesraden van de aangesloten verenigingen.
De IAWR-Adviesraad kan ad hoc werkgroepen vormen voor individuele kwesties op het gebied van analyse, biologie of technische kwesties van waterbeleid.
Met het IAWR Platform Analytics heeft het IAWR een werkgroep voor de uitwisseling van informatie over nieuwe meetmethoden en nieuwe of nog niet geïdentificeerde stoffen in waterlichamen.
De werkwijze van het IAWR is vastgelegd in statuten en een reglement van orde.
"De commissies en werkgroepen worden bemand door de medewerking van deskundigen die zijn afgevaardigd vanuit de aangesloten verenigingen AWBR, ARW en RIWA-Rijn."